他の業務が増える

SEは企業で働いている限りは、開発を主としたエンジニアとしての専門的な業務のみに携わることができます。
企業によっては技術営業なども任される場合もありますが、基本的には開発以外の業務負担はあまり大きくないでしょう。
しかし、起業すると大幅に開発以外の業務が増えてしまい、その対応に苦労してしまうことがよくあります。

どのような形で起業するかによって発生する業務の種類も量も異なりますが、フリーランスの場合には営業活動と経理業務が代表例です。
フリーランスでは仕事を獲得しなければならないので営業活動の重要性が高く、開発などの技術的な業務よりも時間を使うことすらあります。
経理業務も事業主として必要なものであり、起業するときにはどのようにして行うかを考えておかないと、年度末の確定申告の時期になってから焦ってしまいがちです。

一方、会社を設立した場合には人事や教育なども必要になり、会社の規模や事業内容によっては法務なども行っていかなければなりません。
これらを全て自分で行おうとすると苦労が絶えませんが、起業したときには従業員を使えることを念頭に置いておくことが大切です。
仕事を分散させることが可能であり、専門外の仕事については適材を雇って対処してもらえば苦労が少なくなります。
フリーランスの場合にも従業員を雇うことはできるので、営業活動や経理業務の負担が大きいと感じたときには従業員を募集してみると良いでしょう。